Die auf der Oberseite der GFX50S II angeordneten Bedienelemente werden vielen Anwendern vertraut sein. Das Modusrad bietet sechs benutzerdefinierte Einstellungen (C1-C6), über die unmittelbar auf häufig genutzte Funktionen zugegriffen werden kann. Direkt daneben bietet ein Schalter die Möglichkeit, schnell zwischen Foto- und Videoaufnahme zu wechseln.
Der Fokushebel ist nun etwas flacher, was mehr Komfort bei längerem Arbeiten bietet. Er reagiert zudem feinfühliger, sodass eine noch intuitivere Auswahl der Fokuspunkte gegeben ist.
Die Kamera besitzt auf der Oberseite einen 4,5 cm (1,8 Zoll) grossen sekundären LC-Monitor, auf dem sich nach Bedarf wichtige Aufnahmeeinstellungen (Belichtungszeit, Blende, ISO-Wert und Belichtungskorrektur) sowie andere relevante Parameter, wie etwa die verbleibende Kapazität der Speicherkarte, anzeigen lassen.
Das 8,1 cm (3,2 Zoll) grosse LCD auf der Rückseite der Kamera bietet eine hundertprozentige Bildfeldabdeckung. Er lässt sich in drei Richtungen drehen, um aus Positionen in Bodennähe oder über Kopf fotografieren und den Bildausschnitt auch ohne elektronischen Sucher exakt wählen zu können.